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그의 재위기간은 대립교황 율라리우스가 일으킨 분쟁으로 유난히 혼란스러웠다. 교황 다마소 1세에게 사제서품을 받고 콘스탄티노플에서 교황 인노첸시오 1세를 보좌했던 것으로 보인다.

로마의 선거인단 중 다수가 보니파시오를 교황으로 선출하자, 다른 성직자 파벌도 그와 각축을 벌였던 부제 율라리우스를 교황으로 선출했다. 두 사람이 각기 내세운 법통과 이로 인해 빚어진 5번째 분열로 로마는 혼란상태에 빠졌다. 율라리우스는 두 사람 모두 로마를 떠나 공의회의 결정을 기다리기로 한다는 합의를 파기함으로써 서로마 황제 플라비우스 호노리우스의 지지를 잃었다.

보니파시오는 로마에 다시 들어감으로써 15주간에 걸친 분열을 끝냈다. 그후 교황으로서 단호하면서도 평화로운 외교를 펼쳤고, 특히 원죄를 부정한 이단 펠라기우스주의와 맞서 투쟁한 히포의 주교 성 아우구스티누스를 열렬히 지지한 것으로 유명하다(→ 펠라기우스주의).