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제1장 총칙, 제2장 보건의료기술 진흥 시책, 제3장 연구중심병원의 육성, 제4장 한국보건의료연구원, 제5장 벌칙 등 전문 30조와 부칙으로 이루어져 있다. 1995년 12월 6일 법률 제5017호로 제정된 이후 내용이 일부 또는 전부 개정되었다.

정부는 보건의료기술의 진흥을 위한 연구개발 활동과 보건 신기술을 장려하고 보호·육성하기 위한 정책을 마련해 시행해야 하며, 이에 필요한 비용을 지원할 수 있다(제3조). 보건복지부장관은 보건의료기술을 개발·촉진하기 위하여 5년마다 보건의료기술발전계획을 수립한다(제4조). 보건의료기술에 관한 중요 사항을 심의하기 위해 보건복지부장관 소속으로 보건의료기술정책심의위원회를 둔다(제6조).

보건복지부장관은 신기술 개발을 촉진하고 그 성과를 널리 보급하기 위해 우수한 보건의료기술을 보건 신기술로 인증할 수 있다(제8조). 또한 기초연구와 임상연구의 유기적인 협력체계를 구축하고 연구개발의 생산성을 극대화하기 위해 〈의료법〉 제3조 등의 규정에 따라 종합병원, 상급종합병원, 전문병원 중 연구역량이 뛰어난 병원을 연구중심병원으로 지정할 수 있다(제15조). 보건의료기술 및 이를 이용해 생산한 제품에 대한 경제성 및 성과 분석을 위해 한국보건의료연구원을 설립하며(제19조), 그 업무에 관한 사항을 심의·의결하기 위해 이사회를 둔다(제22조). 한국보건의료연구원은 정부출연금, 기부금, 그밖의 수입금으로 운영한다(제25조).

한국보건의료연구원의 전·현직 임직원은 직무상 알게 된 비밀을 누설 혹은 도용해서는 안 되며(제28조), 이를 위반한 자는 2년 이하의 징역 또는 1,000만 원 이하의 벌금에 처한다(제29조).