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본래는 침례교총협회(Baptist General Association)로 알려졌으나, 1924년에 현재의 이름을 채택했다. 이 협회는 19세기 중엽의 일부 남부침례교인들의 경계표지(Landmarks) 이론에서 발전한 것으로 그들은 초대 그리스도교인들은 성인 신자들에게만 침례로 세례를 주었고 지역에 따라 자치적인 회중으로 조직되었던 침례교인들이었다고 믿었다.

경계표지자(Landmarker 또는 Landmarkist)들은 그들이 초대 그리스도교의 '옛 경계표지'라고 생각한 것을 보존하고 싶어했고, 따라서 비침례교회들 또는 그들과 의견을 달리하는 다른 침례교인들과 협력하거나 교제하기를 거부했다. '남침례교협의회'가 더 중앙집권적인 교파중심적 교회정치체제를 채택하자, 경계표지론자들은 지역교회가 자율성을 상실하고 있다고 생각하고 마침내 그 단체에서 나와 독자적인 모임을 만들었다.

미국침례교협회는 지역 회중은 절대적으로 자율성을 유지해야 한다고 믿는다. 지역교회는 해외선교와 국내선교의 기원이며 이를 지원한다. 교회의 교리는 근본주의적이다. 즉 성서의 축자적 해석을 받아들이며 그리스도의 재림을 기다린다. 매년 협회 모임을 가지며 목사들과 청년들을 위한 모임을 주선해준다. 출판활동도 활발히 하고 본부는 텍사스의 텍사캐나에 있다.