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북부 침례교의 노예제도 반대 견해와 활동에 반대한 남부 침례교도가 1845년 조지아 주 오거스타에서 결성했다. 북부의 침례교와 마찬가지로 남부의 침례교도 17세기 미국 식민지에 설립되었던 침례교회에서 비롯되었다. 18세기 들어 식민지 전지역에 걸쳐 침례교회의 숫자가 증가했는데, 주로 펜실베이니아ㆍ뉴저지ㆍ델라웨어에 있던 5개 침례교회가 1707년 결성한 필라델피아 침례교 협회의 선교사업 때문이었다.

남부에 있던 침례교회로 구성된 초기 연합회로는 버지니아 주의 케토크턴 연합회(1765), 사우스캐롤라이나 주의 찰스턴 연합회(1751), 노스캐롤라이나 주의 케유키 연합회(1765) 등이 있었다. 19세기에 들어와 남부와 북부에 있던 침례교회 및 연합회들은 국내외 선교사업 및 종교 간행물에 관련된 전국적인 조직의 결성에 협조했다. 그러나 얼마 가지 못해 노예제도 문제로 남부와 북부 침례교도들간에 불화가 발생했으며, 1845년 남부의 침례교도는 자체 조직을 결성하게 되었다. 약 300개의 교회가 새로운 조직에 가담했다.

처음부터 남침례교협의회는 이전의 일반적인 침례교 집단보다 훨씬 중앙집중화된 종파단체로 출발했다. 자체 선교사업, 간행사업과 교육 및 기타 평의회를 개발해나갔는데 이는 모두 협의회의 지도하에 이루어졌다. 남북전쟁의 참사 이후 복구기간이 지나면서 남부 침례교도들로 구성된 중앙집중적 조직이 협의회의 놀라운 성장에 기여한 것으로 여겨졌다.

일반적으로 전미침례교단(American Baptist Churches in the U. S. A.)보다 더 보수적인 것으로 간주되는 남침례교협의회는 침례교 세계동맹에는 가입하면서도 초교파적인 전미 그리스도 교회협의회(National Council of Churches of Christ in the U. S. A.)나 세계교회협의회(World Council of Churches)에는 가입하지 않았다. 남침례교협의회는 지역적인 교회라기보다는 전국적인 교회가 되었으며, 오랫동안 최대 규모의 미국 신교(新敎) 단체이면서 가장 성장속도가 빠른 단체가 되었다. 20세기 후반에 들어 그 회원수는 약 1,500만 명이 되었다. 주 단위 협의회가 있으며 총협의회가 매년 개최되고 있다. 본부는 테네시 주 내슈빌에 있다.