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중종반정 뒤의 정국공신(靖國功臣)과 인조반정으로 인한 정사공신(靖社功臣)이 있다.

조선 전기 훈구세력의 형성기반이 3공신(三功臣：開國·定社·佐命) 계열에서 출발한다면, 반정공신의 추이는 16~17세기를 거치며 공신집단 중심의 정국운영이 마감되는 과정을 보여준다는 점에서 정치사적 의미를 지닌다.

정국공신은 1506년 9월 중종반정이 성공한 직후에 책정되었다. 반정의 핵심인물인 박원종(朴元宗)·성희안(成希顔)·유순정(柳順汀)이 공신선정을 주도했다. 처음에는 3등으로 분류했다가 4등으로 재조정하고 인원을 추가했다.

총 117명으로 1등은 박원종·성희안·유순정·유자광(柳子光)·신윤무(辛允武)·박영문(朴永文)·장정(張珽)·홍경주(洪景舟), 2등은 운수군 효성(雲水君孝誠)·심순경(沈順經)·변수(邊修)·윤형로(尹衡老) 등 13명, 3등은 고수겸(高守謙)·심정(沈貞) 등 31명, 4등은 변준(卞儁)·변사겸(邊士謙)·이곤(李坤) 등 65명이었다. 이들에게는 1등 공신의 경우 3자(資) 승급, 부모처자에 작위수여(자식이 없으면 생질 등에게 2자 승급), 반당(伴倘) 10명, 노비 13구(口), 전(田) 150결, 은 50량, 표리(表裡) 1단, 내구마(內廐馬) 1필의 혜택을 주었다.

이하 4등까지 항목별로 수량을 줄여 모두 지급했다. 정국공신은 책봉 당시부터 숫자와 대우가 과도했고, 반정과는 무관한 관료나 친·인척에게 남발했다는 비난을 받았다. 실제 이들의 성분을 분석한 연구에 따르면, 친·인척이 56％를 차지하며, 앞선 시기의 공신들에 비해 구성원의 범위가 협소하고 가문의 격도 떨어진다. 이것은 15세기 이래 중앙정계를 장악했던 각종 공신가문을 중심으로 한 훈구파의 결속이 약화된 결과이며, 이런 상황에서 중종 초반 조광조(趙光祖)를 중심으로 한 사림세력의 정치적 공세도 활발해질 수 있었다.

결국 유자광·박영문·신윤무 등이 제거되고, 윤장(尹璋) 등 4등 공신 일부가 삭훈(削勳)되었다. 1519년(중종 14) 11월에는 마침내 조광조 등의 건의로 2등 공신 운수군 효성, 3등 공신 심정을 비롯한 76명을 삭훈했다. 비록 이를 계기로 기묘사화가 일어나 12월 삭훈자 전원이 공신호를 회복하지만, 이 과정 자체가 16세기 사림정권의 성립을 예비하는 한 단계가 되었다.

정사공신은 1623년 윤10월 김유(金瑬)·이귀(李貴)의 주도로 녹훈되었으며 총 53명이었다.

1등은 김유·이귀·김자점(金自點)·최명길(崔明吉) 등 10명, 2등은 이괄(李适)·이시백(李時白)·장유(張維)·원두표(元斗杓) 등 15명, 3등은 이후원(李厚原)·유백증(兪伯曾) 등 28명이었다. 구굉(具宏)·심명세(沈命世)같이 인조의 인척이 몇 명 끼어 있음도 주목된다. 나중에 이괄·이흥립(李興立)은 이괄의 난으로, 김자점과 심기원(沈器遠)은 역모혐의로 삭훈되었다. 인조 때 이들 공신들의 활약상을 보면 1·2등 공신의 주도급 인물들은 당시 정계의 실세로 권력을 장악했지만, 일부는 지방관이나 한직에 그쳤다(인조반정). 이 역시 조선 초기 공신집단의 성격과는 많은 차이가 있음을 보여준다.

반정 직후부터 김유와 이귀·최명길 등이 정치적 입장 차이로 대립했으며, 이괄의 난까지 발생했다. 이괄은 원래 1등에 속했다가 2등으로 내려진 데 불만을 품고 난을 일으켰다고 한다. 병자호란을 겪으면서 공신집단은 주화론을 주장했는데, 패전의 책임으로 이들의 정치적 위상은 더욱 약화되었다. 게다가 상호간에 비공신계열과의 관계나 전후 수습방안도 달랐다. 결국 인조 후반 최명길·이시백이 한때 축출되고, 김자점의 낙당(洛黨)과 원두표의 원당(原黨)이 대립했다.

인조가 죽은 뒤 이시백·원두표는 김집(金集)·송시열(宋時烈)·이유태(李惟泰)·김상헌(金尙憲) 등의 세력을 조정으로 불러들여 김자점을 제거했으며 나중에 원두표도 파직되었다. 이로써 공신 중심의 정국운영은 정치 일선에서 사라지게 되었다.→ 공신, 붕당정치, 인조반정, 중종반정.