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1584년에 세워졌던 원래의 건물은 1910년 헐렸고 1954년 멕시코 시에 있는 캠퍼스로 이전했다. 이 국립대학교는 누에바에스파냐의 첫 부왕인 안토니오 데 멘도사에 의해 왕립 폰티피칼대학교로 설립되었다. 1553년부터 로마 가톨릭 교회의 통제를 받다가 1867년 베니토 후아레스 정부에 의해 폐쇄되었다.

학문수준은 중세 스페인의 대학교들에 뒤지지 않는 정도였으나, 정치적·종교적 간섭 때문에 17~19세기에 유럽을 휩쓸었던 철학과 과학 혁신을 따라잡을 수 없었다.

1867년부터 법학·의학·공학·건축학 같은 여러 독자적인 전문교육대학들이 정부에 의해 설립되었다. 1910년 포르피리오 디아스 정부 때 따로 존재하던 각각의 학교들이 멕시코국립대학교로 통합되었다. 1920년대 모든 멕시코의 대학교들은 정부의 통제를 받았으나 이 대학만은 1929년에 행정자율권을 부여받기도 했다.

1968년 7~12월에 이 학교는 정부 정책에 항의하는 학생시위의 중심지가 되었으며 그해 9월에는 캠퍼스에 군대가 주둔하기 시작했다. 아직도 대학 운영에 정부가 간섭하고 있다는 비난이 있다. 그러나 이 대학은 공식적으로 행정적 독립을 유지하고 있으며 교수와 학생들을 포함한 심의회와 총장이 학교를 운영한다. 학부로는 회계 및 경영학·건축학·화학·치의학·경제학·공학·법학·의학·철학·문학·정치사회학·직업연구·심리학·자연과학·수의학 및 동물학 등이 있다. 음악·간호학·산과학(産科學)·조형미술·사회사업 등의 국립 전문학부도 있다. 20세기말 입학생이 35만 명에 달했다.