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아테네군은 오후 한나절 만에 제1차 페르시아 침략을 물리 쳤다. 페르시아가 침략하자 아테네인들은 급히 군대를 소집해 장군 10명이 각각 1일씩 돌아가면서 지휘를 하도록 했다. 그러나 페르시아군을 먼저 공격하자는 쪽과 적의 공격을 기다리자는 의견이 팽팽히 맞섰고 마침내 문관인 칼리마코스가 공격을 결정함으로써 문제가 타결되었다.

그뒤 장군 4명이 아테네 출신 장군 밀티아데스에게 지휘권을 넘겨주어 그가 실질적인 총사령관이 되었다.

그리스군은 넓은 평야에서 페르시아 기병대와 싸워 이기리라고는 기대하지 않았다. 그러나 어느 날 새벽 그리스군은 페르시아 기병대가 잠시 진영을 비웠다는 것을 알게 되었다. 이에 밀티아데스는 페르시아 보병을 전면 공격하라고 명령했다.

이 전투에서 그는 아테네군 1만 명과 플라타이아이인(人) 1,000명을 거느리고 페르시아군 1만 5,000명과 싸워 이겼다. 그는 그리스 전열 측면을 강화한 뒤 페르시아 주력부대를 중앙으로 유인해 포위했다. 거의 완전 포위되었던 페르시아군 가운데 약 6,400명이 죽고 나머지는 간신히 바다로 도망친 반면, 그리스군은 칼리마코스를 비롯한 192명만이 전사했다. 이 전투에서 페르시아 무기보다 그리스의 긴 창, 칼, 갑옷, 투구가 더 우수하다는 것이 드러났다. 전설에는 아테네인 전령이 마라톤에서 아테네까지 약 40㎞를 달려와 그리스의 대승을 알리고 피로에 지쳐 죽었다고 한다. 이 이야기는 근대 마라톤 경주의 기원이 되었다.

그러나 헤로도토스는 전투가 벌어지기 전에 아테네가 스파르타에 도움을 요청하기 위해서 잘 훈련된 주자(走者) 페이디피데스(피디피데 스, 필리피데스라고도 함)를 보냈던 것뿐이라고 했다. 그는 약 2일 동안 240㎞ 정도를 달렸다고 한다.