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니시비스(지금의 터키 누사이빈) 학교는 에데사 학교의 저명한 선생이자 운영자인 나르사이와 그의 동료들이 신학논쟁으로 인해 에데사(지금의 터키 우르파)를 떠날 수밖에 없었던 471년경에 시작되었다. 나르사이가 교장으로 있을 때(471~496), 에데사 학교의 많은 선생과 학생들이 새로 시작된 이 학교에 들어왔다.

이들은 네스토리우스 신조를 바탕으로 자신들의 그리스도교 신앙을 체계화했는데, 이 신조는 그리스도의 신성과 인성이 각기 독립되어 있음을 특별히 강조해 그리스도의 두 본성이 도덕적 연합에 의해 느슨하게 합쳐진 별개의 두 인격체처럼 보이게 했다.

아브라함 데 베트 라반이 교장(~569경)으로 있는 동안 이 학교는 눈부시게 발전했다. 교사들은 그리스 고전을 시리아어로 번역하는 일을 비롯해 문학·역사·철학·신학 등 여러 분야의 책을 썼다. 이 학교는 서구 사회에 이름을 떨치게 되었고, 마침내는 성직자를 양성하는 주요한 교육의 전당이 되었다. 아랍인들이 그리스 사상을 접하게 된 기본적인 통로도 이들이 시리아어로 번역한 책들이었다. 그러나 헤나나(570경~609경)가 교장으로 재임한 동안 이 학교의 네스토리우스 신학은 퇴조했다. 그 이유는 헤나나가, 네스토리우스 신학의 권위자로 인정을 받았던 몹수에스티아의 테오도루스보다는 오리게네스(3세기초 그리스도교 신학자)의 신학적 입장을 더 따랐기 때문이다. 이같은 헤나나의 입장에 대해 학생들이 반발했고, 그는 자신의 지위를 계속 누리기 위해 왕에게 지원을 요청했다.

헤나나 이후 유일하게 뛰어난 인물로는 수린이 있는데, 그는 625~650년 사이 얼마 동안 교장직을 맡았다. 그의 저작은 상당한 관심을 불러일으켜 계속 쇠퇴해가는 이 학교의 명맥을 유지해주었는데, 특히 사료 편찬과 수도원 역사에 대한 탐구에서 그 진가를 발휘했다.

그러나 시간이 지남에 따라 명성을 잃었으며, 셀류키아크테시폰 학교가 그 자리를 대신하게 되었다.