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연구영역의 다학문성(多學文性)과 기초학문성에 바탕을 두고 기존 연구조직으로 소화하지 못하거나 제약이 있는 영역, 교수 및 개별학문 사이의 협동연구가 필요한 경우 새로운 학문적 성과를 얻기 위해 설치한 연구소이다.

대학부설연구소는 기업연구소와는 인적 구성이나 구조상 차이가 있다. 기업연구소의 경우는 연구원이 계속 머물러 있는 반면 대학연구소는 연구원 가운데 교수요원은 계속 머물지만 수적으로 비중이 큰 일반 대학원생은 일정기간이 지나면 연구소를 떠나게 된다. 또한 기업연구소는 크게 개발상품별로 구성되는 데 비해 대학부설연구소는 학문분야별로 구성된다.

이에 따라 대학부설연구소는 목표지향적 기초연구와 협동연구를 통해 특정 분야의 학문발전을 도모하고 인재를 교육하며 학문능력을 제고하는 역할을 수행한다.

대학부설연구소는 대학의 사회적 위치와 역할 및 국가의 경제·사회·교육 정책 그리고 학문연구에 필요한 재정적·제도적 뒷받침, 연구인력의 양성 등에 따라 시기별로 다르게 나타난다. 이런 점에서 대학부설연구소의 양적·질적 수준은 그 나라의 학문역량을 가늠하는 기준이 되기도 한다. 한국의 경우, 일제강점기와 미군정을 거친 1950년대 이전까지만 하더라도 사회 분야에 1개, 의약학 분야에 1개로 2개의 연구소만이 설치되어 있었고 1950년대에도 인문·사회 분야에 각각 3개와 8개, 종합연구소 1개만이 신설되었다.

그러나 1960년대에 들어서 인문·사회·이학·공학·의약학·농학·수해양(水海洋)·예체능 등 전분야에 걸쳐 163개의 연구소가 신설되었고 1970년대에도 302개의 연구소가 문을 열었다. 특히 1980년대에는 기존 연구소를 모두 합한 것의 1.5배에 이르는 많은 수의 연구소가 신설되었다. 그러나 이와 같은 대학부설연구소의 양적인 증가에 학문적 성과가 비례해 나타나는 것은 아니어서, 격월간이나 계간으로 정기간행물을 발간하는 곳은 이중에서 27개에 지나지 않는다.

한편 대학부설연구소와는 별도로 일반대학에 분산되어 있는 연구인력을 특정 분야별로 조직·체계화하여 자연과학 분야의 기초연구 발전과 대학연구의 활성화를 위해 핵심적인 역할을 담당할 연구집단을 육성하고자 1989년부터 우수 연구 센터 지원사업이 펼쳐졌다. 부지와 외곽시설을 각 대학에서 부담하고 기구 및 장비와 연구비를 한국과학재단이나 참여기업이 공동지원하는 새로운 형태의 연구소가 세워졌는데, 기초과학 분야의 새로운 이론정립 및 현상의 심층연구를 위한 기초과학연구 센터(SRC)와 산업발전에 연계된 기초기술을 연구할 공학연구 센터(ERC)가 그것이다.