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상호작용은 활성자리에서 효소의 모양을 변화시킴으로써 효소와 기질 사이의 착물의 활성자리 형성에 영향을 미친다. 결과적으로 반응을 촉진시키는 효소의 기능이 변화한다. 이것은 유도적응이론의 기초이다. 이 이론은 효소의 기질 혹은 몇몇 다른 분자의 결합이 효소의 활성도를 증가시키거나 또는 감소시키도록 효소의 형태 변화를 유발한다는 것이다.

조절분자는 합성과정중에 발생하는 생성물이며, 동일한 경로를 따라 효소의 작용을 억제(→ 피드백 억제)하며, 심지어 효소의 생성을 막는다. 다른 분자는 활성제로서 작용한다. 즉 이들은 효소에 작용하여 효소와 기질 사이의 결합을 증가시키며, 그 결과 촉매활성도가 증가된다.

포유동물이 에너지를 필요로 할 때 분비되는 호르몬인 아드레날린(에피네프린)에 의하여 활성화되는 효소 아데닐 시클라제는 환상 아데노신일인산(cyclic AMP)을 만드는 반응을 촉진시킨다. 다시 말하자면 환상 AMP는 에너지를 생성하는 탄수화물의 대사를 조절하는 효소를 활성화시킨다. 다른 자리 입체성 활성과 억제를 적절히 결합하면 세포가 필요한 물질을 빠르게 조절할 수 있다(→ 피드백 억제).