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범죄단체의 자금세탁, 기업들의 불법적인 비자금 조성, 탈세 및 외화 밀반출 등 불법적인 자금의 흐름을 파악하고 이를 막기 위해 전반적인 자금거래 흐름에 대한 분석 및 조치를 담당하고 있으며, 은행 등 금융회사로부터 자금세탁과 관련한 혐의가 포착되면 정보를 수집해 분석한 후 혐의가 짙으면 검찰 등 수사기관에 제공한다.

2000년 2월 재정경제부에 금융정보분석원 구축기획단이 설치되었다.

2001년 9월 자금세탁 방지와 관련한 2개 법안이 국회에서 의결되어 공포되었다. 같은 해 11월 특정금융거래보고법 시행령이 대통령령으로 공포되어 재정경제부 소속 기관으로 설립되었다. 이에 따라 은행 등 금융회사들은 2,000만 원(외화는 1만 달러) 이상의 금융거래 중 자금세탁 행위가 의심되는 경우 금융정보분석원에 보고하도록 의무화되었다.

2002년 11월 42개 증권사에 혐의거래보고 프로그램을 배포했다. 2008년 금융위원회 소속으로 이관되면서 공중협박자금 조달금지 영역까지 업무가 확대되었다. 공중협박자금이란 국가와 지방자치단체 또는 외국정부(국제기구 포함)의 권한 행사를 방해하거나 공중을 협박할 목적으로 하는 일정한 유형의 폭력·파괴 행위에 이용하기 위해 모집·제공되거나 운반·보관된 자금이나 재산을 의미한다.

2002년 3월 벨기에 금융정보분석원과 양해각서(memorandum of understanding/MOU)를 체결한 것을 시작으로 미국·일본·영국·중국 등 47개국 금융정보분석원과 MOU를 체결하여 국경간 거래를 이용한 자금세탁 혐의가 있는 금융거래 정보를 교환하고 있다.

조직은 원장 밑에 기획행정실·제도운영과·심사분석실·심사분석1~3과로 나뉘어 있고 건전한 금융 시스템 조성, 자금세탁 및 금융범죄 예방 역량 극대화, 국제협력 강화를 핵심목표로 추진하고 있다.은행 등의 금융기관이 금융정보분석원에 통보해야 하는 혐의거래에 정형화된 가이드라인은 없으나, 매출이 월 10억 원밖에 되지 않은 기업 계좌로 어느날 갑자기 100억 원의 현금이 입출금됐다거나, 소득이 별로 없는 개인 계좌에서 고액의 현금이 입금 당일 인출됐다거나 하면 대부분 통보해야 한다. 서울특별시 영등포구 여의대로 97번지에 있다.