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실제로 질병을 일으키는 것과는 무관하다. 치과치료를 받거나 외과적 처치나 수술을 받은 뒤에 오는 일시적인 균혈증은 면역계가 정상적인 기능을 하고 있는 건강한 사람에게서는 거의 문제가 되지 않으나, 혈류 속으로 세균독소가 방출되는 패혈증을 동반하는 대규모 균혈증은 쇼크를 일으키고 마침내는 순환허탈(循環虛脫：몸속의 혈액순환이 안되는 상태)에 빠지는 매우 위험한 응급상황을 일으킬 수 있다.

몸속에 인공삽입물(인공심장판막 등 결손된 신체 부분에 사용하는 인공대용물)을 갖고 있는 사람이나 전신상태가 쇠약하여 세균의 침입을 받기 쉬운 사람에게는 일시적인 균혈도 위험한 상황을 불러일으킬 수 있다.

균혈증은 대개 이전에 이미 감염된 병소에서 파급되어 생기거나, 특별히 감염의 위험이 높은 외과수술과정에서 요도나 소화기관과 같은 신체의 다른 부위에 있던 세균이 혈류 속으로 방출되어 몸속에서 멀리 떨어져 있는 다른 부위에 감염을 일으켜 생기기도 한다.

균혈증을 일으킬 위험이 높은 수술을 할 때와 같이 균혈증을 예상할 수 있을 때는 혈류 속으로 세균이 대량 침범하는 것을 예방하기 위해 항생제를 사용할 수도 있다. 그러나 예방적인 항생제 사용에도 불구하고 항생제에도 듣지 않는 새로운 균주가 나타남에 따라 1960년대 후반부터 위험한 균혈증의 발생빈도는 오히려 늘고 있다.