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과학이론의 인식론적 지위는 3가지 관점으로 대별된다. 첫째, 강한 실재론적 입장에서는 과학의 모든 명제가 자연에 관한 경험적인 사실의 집합을 보고하며, 보편적 사실에 관한 객관적인 거울의 역할을 하고 있다. 둘째, 강한 규약주의적 입장에서는 관찰언명은 자연세계에 대한 과학자들의 개념적 그림을 형성시켜주는 유형을 반영한다. 셋째, 두 입장의 중간적인 관점으로 조작주의적인 입장이 있는데, 이 입장에서는 조작적인 의미를 갖는 이론 명제(命題)를 유의미하다고 간주한다.

존재론적으로 볼 때에도 대체로 3가지 입장을 구분해볼 수 있는데 첫째, 실재론자는 여기서도 과학이론의 기술적 용어를 객관적으로 존재하는 실재의 이름으로 본다. 둘째, 도구주의자들은 모든 이론적 개념을 과학자 자신의 이론구성에 의해 만들어진 지적인 가공물(加工物)로 본다. 마지막으로 현상론자들은 이론적 실재의 존재에 관한 논쟁은 무의미한 것으로 간주한다.

1920년대 이후 양자역학의 전개와 더불어 과학자들 사이에서 철학적인 논쟁이 활발해졌다고 할 수 있는데, 인식론적으로 볼 때 양자역학적 설명의 통계적인 성격은 인간지식의 지위와 한계에 관한 몇 가지 기본적인 질문을 제기했다. 철학적인 논의가 인공언어나 이상언어의 한계 안에 제한되는 한, 이론적 실재나 확증이론에 관한 일반적인 딜레마의 해결전망은 불투명할 수밖에 없다.