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당시에는 영국국교회의 권위를 인정하지 않으려는 사람들에 대한 억압수단으로 활용되어 논란이 많았다.

1534년의 수장령(首長令)을 통해 헨리 8세는 영국 국교회의 최고 우두머리가 되었으며 수도회 소속 성직자와 교구 성직자들을 순시·조사하는 것을 비롯해 그들의 잘못을 바로잡고, 징계하는 권한을 가지게 되었다.

이 수장령은 1535년 부(副)섭정이 된 토머스 크롬웰이 교회문제에 대해 국왕으로서의 권한을 대행하게 되자 그가 적당하다고 생각하는 인사들에게 그 권한의 일부를 위임하면서 실제적인 효력을 발휘하게 되었다.

최초의 일반 종교위원회(general commission)는 에드워드 6세 때인 1549년에 열렸다. 엘리자베스 1세는 통일령(1559)을 통해 여왕은 세속적인 문제뿐만 아니라 정신적 또는 교회와 관련된 문제에도 '왕국의 최고 통치자'로서 군림한다고 선언했으며, 이와 함께 왕에게는 모든 정신적 또는 교회 문제에 대한 전적인 관할권이 있고 '모든 오류와 이단적인 주장, 교단의 분열, 권리의 남용, 규칙위반, 모욕행위, 극악한 행위 등 갖가지 문제들'을 조사·쇄신·징계할 수 있는 권위를 가지고 있음을 정당화함으로써 왕권을 확고히 했다.

1565년까지 종교위원회의 위원들이 한 일들은 대부분 순시하는 일에 그쳤으며 이들의 권한도 일시적인 것이었다.

그러나 소송해결이 점점 어려워지고 추밀원에서 이곳으로 위임한 교회와 관련한 업무의 양이 늘어나자 임시기구였던 종교위원회는 정규적으로 활동을 벌이는 상설 특권법정이 되었다. 이같은 지위의 격상으로 1570년 무렵부터 고등종교위원회(high commission)라 부르게 되었고 약 10년 후에는 법원이라는 이름이 붙게 되었다. 영국국교회에 대한 로마 가톨릭 교도와 청교도들의 반감이 커짐에 따라 종교법원 재판관들이 해결해야 할 일도 늘어났다.

이 법정의 구성원들은 주로 교회법 학자, 주교, 그리고 영향력있는 평신도들이었며 그 인원은 1549년에는 24명이었으나 1663년에는 108명으로 늘어나는 등 변동이 있었다.

재판권은 다른 교회 재판소와 비교해볼 때 거의 비슷했으며 상소를 심리할 권한도 있었다. 형사사건에서는 재판권 일부만을 가졌으며, 비록 민사상의 문제에서 상소를 심리할 권한이 있기는 했으나 소송이 붙은 양쪽 당사자 간의 문제를 해결하는 권한은 갖고 있지 않았다.

재판에서는 대개 선서가 따랐는데 이것은 이 법정에서 가장 논란이 많았던 문제였다.

선서를 거부하는 사람들은 여러 사람들에게 커다란 두려움의 대상이었던 성실청(星室廳)으로 넘겨졌다. 선서를 하는 사람들은 자신에게 던지는 모든 질문에 대답하라는 요구를 받았는데 이것은 위증을 하든가 아니면 자신의 유죄를 입증할 모든 사실들을 낱낱이 실토하라는 양자택일의 강요와 같았다. 이같은 재판 방식은 교회재판소에서 따온 것이었으나 형벌은 벌금이나 징역 등 교회 밖의 세속적인 것과 같았다. 그러나 고문을 하거나 사형을 내리지는 않았다.

이 법정은 청교도들을 비롯해 코먼 로(common law)를 다루는 변호사와 판사의 반대에 부딪쳐 결국 없어졌다.

청교도들은 이 법원이 의무로 부과한 의식을 우상숭배로 여겨 거부했으며 선서의무도 거부했다. 일반 법률가들이 이 종교법원에 반대한 것은 일반 재판소와 교회 재판소 사이의 전통적인 적대감 때문이었다.

제임스 1세 때 보통법을 집행하는 판사들은 국왕의 특권에 반대하는 의회의 지원에 힘입어, 종교법원 재판관들은 국왕이 부여한 특별한 권리를 가지지 못하며 법이 허용하는 권한만을 가질 뿐이라고 주장했다. 이러한 법적인 공방은 스튜어트 왕가의 왕들과 의회 사이에 헌정상의 문제를 놓고 벌어진 투쟁의 일부가 되었다.

1641년 찰스 1세가 의회에 굴복하자 이 법원은 폐지되었고 앞으로 이와 비슷한 법원은 다시 세우지 않기로 했으며 여기서 일한 재판관들은 국민들에게 큰 해를 끼치고 억압을 가한 죄로 기소되었다. 왕정복고가 되고도 의회가 정한 금지규정은 계속 효력을 지녔고 1686년 제임스 2세에 의해 잠시 다시 세워지기도 했으나 종교법원은 1689년 권리장전에 의해 '불법적이고 해로운' 기구로 규정되어 완전히 없어졌다.→ 국왕대권재판소