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독일과 그 점령지 내에서 나치 반대세력을 무자비하게 탄압했으며, 유럽 전역의 유대인들을 집단수용소에서 학살함으로써 역사상 유례없는 만행을 저질렀다.

1933년 나치가 집권하자 프로이센의 내무장관이던 헤르만 괴링은 프로이센 경찰에서 정치·첩보활동 전담반을 분리하여 여기에 수천 명의 나치 당원을 충원했고 1933년 4월 26일에는 조직을 게슈타포로 개편, 직접 지휘했다(→ 괴링). 이무렵 SS(나치당 친위대) 대장 하인리히 히믈러는 부관 라인하르트 하이드리히의 도움을 받아 바이에른 주와 그밖의 주경찰을 이와 유사하게 재조직했다.

1934년 4월 히믈러는 괴링으로부터 게슈타포의 지휘권을 넘겨받았고 1936년 6월 17일 경찰총감에 임명되었다. 이로써 독일의 경찰력은 명목상 내무부에 소속되어 있으면서도 SS와 게슈타포 모두를 총괄하는 히믈러의 휘하로 통합된 것이다. 히믈러의 심복 하인리히 뮐러가 관할했던 게슈타포는 1936년 형사경찰(Kripo)과 함께 보안경찰(Sipo)에 흡수되었고 1939년 SS의 조직개편 때 보안대(SD)로 통합되어 하이드리히가 지휘하는 제3제국 중앙보안성(RHSA)을 형성했다. 이러한 관료제적 미궁 속에서 보안부서들의 임무는 혼선을 빚어냈으며 서로 협력하기도 했지만 경쟁관계에 놓이기도 했다.

게슈타포는 내정의 제약을 받지 않았다. 이들은 '예방적 체포권'을 행사하면서 초법적으로 활동했다. 수많은 좌익계 인사, 지식인, 유대인, 노동조합운동가, 정치성향의 성직자들, 동성연애자들이 게슈타포에 의해 체포된 후 강제수용소로 사라져갔다.

게슈타포는 제2차 세계대전 동안 점령지의 파르티잔 활동을 억압했으며 연루된 시민들에 대해서도 잔학한 보복행위를 서슴지 않았다. 폴란드와 소련 침공 때는 학살기동부대로서 정규군 다음에 투입되어 유대인들과 그밖의 불순분자들을 제거했다. 아돌프 아이히만 휘하의 게슈타포 Ⅳ. b. 분대는 점령지의 유대인들을 폴란드에 있는 강제수용소로 집결시켜 이들을 몰살시키는 임무를 수행했다.