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미생물이 대기오염을 정화하는 역할을 하고 있다. 해외의 어느 공장에서는 악취가스 정화필터에 미생물을 배양하여 이 필터를 통과하면 악취가 분해되어 버린다고 한다. 또 탄광 지역에서는 메탄가스 위험지역에 미생물을 투입해 땅속의 메탄가스를 제거하는 역할을 담당한다고 한다. 폐수 속에 녹아있는 페놀은 극히 적은 양으로도 하천의 생명체를 모두 죽게 한다. 그러나 어떤 미생물은 페놀만을 먹고 사는 것이 있어 미국의 쿠즈네츠크제철소에서는 폐수정화에 이용한다고 한다.