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공공부문 정보화를 위하여 2003년 구축된 전자정부 시스템 중 하나. 정부의 재정 운영과 예산 집행 상황을 실시간으로 통합 운영하기 위해서 구축되었다. 이를 위해 정부 각 부처의 재정 정보 처리 과정을 통합하는 작업이 선행되었다.

국가재정정보시스템의 구축을 통해, 그동안 수작업으로 수행하거나 부분적인 전산화에 머물러 있던 재정 업무의 전산화가 완료되었고, 각 기관 사이의 정보공유가 가능해졌으며, 업무 처리 절차 개선 등으로 수작업 과정에서 발생되었던 번잡한 업무가 간소화되었다. 재정 투명성을 확보하기 위한 기본 작업인 회계 자료의 전산화가 완료됨으로써 재정 관리의 기반이 조성되었다. 이를 통해 국가 재정 자산과 부채에 대한 명확한 인식과 재정 위험의 관리가 가능해졌다.

하지만 이 시스템에는 몇 가지 아쉬운 점이 있었다. 복식부기가 제대로 반영되지 않아 회계적 통합에 이르지 못했으며, 관련 부처의 협조와 조정이 쉽지 않았다. 이에 따라 2007년에 새로운 통합재정정보시스템인 디지털예산회계시스템 dBrain(digital Brain)이 새로 도입되었다. 새로운 통합재정정보시스템은 예산 편성, 집행, 회계결산, 성과관리 등 재정활동의 전 과정이 하나의 시스템을 통해 수행되고, 그 결과로 생성된 정보 역시 재정정보시스템을 통해 즉시 관리와 열람이 가능하도록 하여, 재정관리의 성과 수준을 높이고 효율성을 극대화할 수 있도록 만들어졌다. 또한 복식부기와 발생주의 회계제도를 채택하여 효율을 높였다.

2016년 5월 통합재정정보시스템을 관리할 <한국재정정보원법>이 시행되면서, 그동안 민간에 위탁했던 디지털예산회계시스템을 운영하도록 했다. 한국재정정보원은 준정부기관으로 예산 편성과 집행, 자금·국유재산 관리 등 국가 재정업무 전 과정을 다루는 통합재정정보시스템을 운영하게 된다. 중앙정부에서 지방자치단체로 예산을 내려 보내거나 부처간 내부 거래를 할 때는 물론, 국가 발주 사업에 사업비를 전달할 때도 모두 이 시스템을 거치도록 규정되었다.