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인류의 절반이 주식으로 먹고 있는 벼는 외떡잎식물 중 게놈의 크기가 가장 작아 약 4억 개의 염기쌍을 가지고 있다.

벼 게놈 해독연구에는 1991년 일본이 가장 먼저 착수했고, 1998년 한국·중국·타이완·인도·타이·미국 등 11개국이 일본과 함께 벼 게놈 연구국제 컨소시엄을 구성해 연구를 시작했다. 그러나 2002년 다국적 기업 신젠타사가 자포니카(Japonica)의 게놈 염기서열 해독에 성공했고, 베이징 게놈 연구소 역시 인디카(Indica)의 게놈 염기서열 해독에 성공해 〈사이언스〉지에 발표했다.

지금까지 벼의 신품종 개발에 10여 년이 걸렸으나 이로써 2~3년으로 그 기간이 대폭 감축될 것으로 예상되는 반면, 품종개량이나 기타 목적을 위해 벼의 유전정보를 사야 하는 사태가 올지도 모른다는 우려도 생겼다.

오리자 사티바(Oryza sativa)의 대표적인 아종인 자포니카는 쌀알이 동글동글하고 찰기가 있어 한국·일본에서 주식으로 사용하고 쌀알이 길고 찰기가 적은 인디카는 중국·동남아시아·인도 등지에서 주식으로 사용한다.