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1863년초 포토맥 부대를 성공적으로 개편했지만, 그후 승패를 거듭했다.

육군 사관학교 졸업생으로 멕시코 전쟁(1846~48)에 참전했으며, 남북전쟁이 일어나자 캘리포니아의 집을 떠나 의용군 준장으로 복무하게 되었다. 1862년 동부에서 벌어진 모든 주요전투에 참전했고, 전쟁터에서 정력적인 지도력을 보였기 때문에 '파이팅 조'라는 별명을 얻었다. 프레더릭스버그에서 북군이 참패당한(1862. 11~12) 뒤 포토맥 부대 사령관인 A. E. 번사이드 장군이 사임하자, 그 후임자로 임명되었다.

신임 사령관은 당장 부대 조직과 관련하여 시급한 몇 가지 개혁을 단행하고, 챈설러즈빌 전투(1863. 5. 1~4)에서 남부에 도전할 준비태세를 갖추었다. 그러나 그의 절반도 채 되지 않는 병력을 거느린 남군 장군 로버트 E. 리 장군의 전술에 넘어가 후퇴해야 했을 때 지휘관으로서 후커가 지닌 중대한 결점들이 분명해졌다. 이 패배로 북군은 1만 7,000명의 병력을 잃었다. 리 장군이 6월에 펜실베이니아로 쳐들어오자 후커는 그를 바싹 추격했다. 하지만 7월에 게티즈버그에서의 전투를 위해 워싱턴 당국에 보낸 증원군 파견 요청이 거부되자 자신에 대한 상관들의 불신을 알아차리고 전투가 벌이지기 직전에 사임했다.

3개월 뒤 후커는 테네시 주 채터누가에서 포위되어 있는 W.S. 로즈크랜스 장군을 구출하는 임무를 띠고 포토맥 부대의 2개 군단과 열차편으로 파견되었다. 1863년 11월 24일 그는 룩아웃 산에서 벌어진 '구름 위의 전투'에서 승리를 거두어, 북군이 미셔너리 산맥에서 대승을 거둘 수 있는 길을 열었다. 1864년의 애틀랜타 전투에서 진격을 허락받지 못한 뒤 전쟁에 적극적으로 참여하지 않았다.