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스위스의 큰 부분을 차지하고 있었다. 프랑스에 합병된(1798. 4) 제네바와 이탈리아의 키살피나 공화국에 편입된 발텔리나·키아벤나·보르미오 등 3개 주는 모두 이 공화국에서 제외되었다. 1802년 오스트리아의 프릭탈이 병합되었으나 발레가 분리되어 독립 공화국이 되었다(그후 1810년 프랑스에 합병되었음). 헬베티아 공화국은 프랑스와 오스트리아 사이의 뤼네빌 조약(1801)으로 승인을 받았다.

이 공화국의 정부는 프랑스의 총재정부를 본떠 만들어졌다. 파벌싸움이 너무 자주 벌어지자 공화국 대표단이 나폴레옹 보나파르트에게 중재를 요청했다. 나폴레옹은 즉시 중재령을 내렸다(1802. 9. 30, 확대 1803. 2. 19). 이에 따라 헬베티아 공화국은 새로운 스위스 연방으로 교체되었고 프랑스와 긴밀한 관계를 갖도록 강요받았다.