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이 봉기는 스페인 통치에 대한 필리핀 혁명의 연속으로 볼 수 있다. 파리 조약(1898)이 맺어져 필리핀에 대한 통치권이 스페인에서 미국으로 옮겨졌지만 마닐라를 제외한 전국의 통치권을 장악하고 있던 필리핀 군부의 지도자들은 미국의 통치권을 인정하지 않았다.

1902년 봉기의 종결 발표에도 불구하고 그후 몇 년 동안 간헐적인 전투가 계속되었다. 조지 듀이 제독은 1898년 5월 1일 아침 마닐라 만에서 스페인 함대를 격파했지만 그후 3개월 뒤 육군이 도착하고 나서야 마닐라를 점령할 수 있었다. 8월 13일 마닐라는 무혈의 '전투'를 치른 뒤 점령되었다. 스페인 총독 페르민 하우데네스는 자신의 명예유지를 위해 저항하는 척하다가 비밀리에 항복했다. 미군이 마닐라를 점령하고 필리핀 혁명세력이 그 이외의 전국을 장악하고 있는 상태에서 충돌은 불가피했다.

이 전쟁은 1899년 2월 4일 밤 마닐라 외곽에 대한 폭격으로 시작되었다. 1899년 봄 내내 미국 군대는 북쪽으로는 중앙 루손 평야까지 밀고 올라갔고, 그해 말 필리핀 장군 에밀리오 아기날도는 접근하기 어려운 북쪽 산악지역으로 후퇴했다. 재래식 전투는 끝났으나 봉기 지도자들은 여러 지역에서 격렬한 유격전을 계속했다.

1901년 사마르 섬에서 더욱 격렬하게 전투가 벌여졌다. 유격대에 의해 미군이 학살된 데 격분한 제이콥 F. 스미스 장군은 잔혹한 보복전쟁을 벌여, 후에 군법회의에 회부되어 퇴역했다. 1902년 이후에도 전투는 계속되었지만 미군 당국은 나머지 유격대들을 도적으로 간주했다. 시메온 올라가 이끌던 1,000여 명의 게릴라들이 1903년말까지 투쟁했고, 마닐라 남부 바탕가스 지방에서는 마카리오 사카이가 지휘하는 군대가 1906년까지 저항을 계속했다. 미국인 정권에 대한 마지막 조직적 저항은 1904~06년 사마르에서 일어났다. 이곳의 평화로운 마을을 불사르는 봉기자들의 전술은 실패했다. 이후 미국은 필리핀에 대한 명실상부한 지배권을 획득하여 1946년까지 통치했다.