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비교적 큰 섬들 대부분 휴화산과 산맥들이 두드러진 특징을 이루는 가운데 전반적으로 다양한 지형 분포를 보인다. 대부분의 섬에서 군데군데 중단되는 좁은 해안평야와 대체로 북쪽으로 흐르는 강들을 볼 수 있다. 바이 호를 제외하고는 루손 섬 및 민다나오 섬의 큰 호수들은 모두 화산활동으로 생겨난 것이다. 라구나데바이 호는 면적 922㎢인 필리핀 최대의 호수로서 마닐라 남동쪽에 있으며, 한때 마닐라 만의 한쪽 부분이었던 것으로 추측된다.

루손 섬 북부에는 동쪽은 시에라마드레 산맥과 연결되고 서쪽은 센트랄 산맥과 이어지는 울퉁불퉁한 산맥이 남북으로 뻗어 있으며, 그 가운데 비옥한 카가얀 강 유역이 펼쳐져 있다. 루손 섬 중부에서 이들 산계(山系)가 합쳐지는 지점을 중심으로 카가얀 강 하곡과 그 이남에 있는 면적 1만 9,200㎢의 비옥하고 인구가 조밀한 중앙평원지역으로 나뉜다.

마닐라 시는 이 평야 남단 마닐라 만에 형성된 천연항에 있다. 루손 섬 남동부에 있는 나선형 반도는 고립된 화산들과 불규칙한 산괴 및 구릉들로 이루어져 있다. 울퉁불퉁한 민다나오 섬은 5개의 주요산계와 크고 작은 많은 만과 반도로 대단히 긴 해안선을 형성하고 있는 복잡한 지세이다. 필리핀 최고봉인 해발 2,954m의 아포 산에서는 민다나오 섬 제1의 도시인 다바오가 내려다보인다.

필리핀은 주로 해발고도에 따라 기온이 다른 해양성 열대기후를 나타낸다. 마닐라의 연평균기온은 27℃이다. 서부는 뚜렷한 건기를 보이지만 열도 전체는 대체로 강수량이 충분하며, 태풍이 빈번하게 북부 동해안을 강타한다. 전 국토의 1/3 이상이 숲으로 덮여 있으며, 소나무를 포함한 연질 목재들뿐만 아니라 나왕(필리핀산 마호가니)과 같은 값진 경재들도 많다. 필리핀 원산 동식물로는 800여 종의 난초와 56종 이상의 박쥐를 꼽을 수 있다. 광물자원이 풍부하며, 금·은·철광석·구리·납·크롬철광·니켈·망간·석회암의 매장량은 상당하다. 매장량이 얼마 안 되는 석유매장지들이 팔라완 섬 근해에 모여 있다.