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펩신은 1836년 독일의 생리학자 T. 슈반에 의해 처음으로 알려졌다. 그후 1세기가 지난 1930년 록펠러 의학연구소의 J. H. 노스롭에 의해 이 단백질이 결정화되고 성질도 파악되었다. 위의 내부를 덮고 있는 점성 막 안의 위샘[胃腺]은 펩시노겐이라 하는 불활성단백질을 생성하고 저장한다.

미주신경의 충격과 가스트린 및 세크레틴의 호르몬 분비가 펩시노겐의 분비를 촉진하고 이것은 활성효소인 펩신으로 빠르게 전환된다. 펩신의 소화력은 정상적인 위액(pH 1.5~2.5)에서 가장 높은데 소장에서 위산이 중화되면 펩신은 더이상 작용하지 않는다. 소화계에서 펩신은 단백질을 보다 작은 단위의 펩타이드로 분해하는 역할만 수행하며 펩타이드들은 소장에서 혈액으로 흡수되거나 췌장 효소에 의해 더욱 분해된다.

펩신의 일부는 위에서 혈액으로 이동되어 소장에서 흡수된 보다 크거나 덜 소화된 단백질 조각들을 분해한다. 펩신은 상업적으로 돼지의 위로부터 제조되기도 한다. 정제되지 않은 펩신은 가죽산업에서 무두질에 앞서 동물가죽에 남은 조직이나 털을 제거하기 위해 사용되기도 하며 은화합물을 덮고 있는 젤라틴 층을 제거하여 버려진 사진 필름으로부터 은을 회수하는 데 사용하기도 한다.