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미국 인류학의 기초를 닦았다. 하버드대학교와 버클리 캘리포니아대학교를 미국 인류학 분야의 최고 연구 센터로 발전시켰으며, 4곳의 대표적인 인류학박물관을 설립하는 데 큰 역할을 했다.

퍼트넘은 1856년 하버드대학교에 입학하여 저명한 동물학자 루이 아가시 밑에서 조수로 일했으며(1857~64), 학위를 받지 못하고 학교를 떠났으나 동물원 원장을 거친 뒤 1875~1909년 하버드대학교의 피보디 박물관 관장을 지냈다.

그는 미국의 고고학 유물을 최초로 연구했던 인물로 미국 남서부, 오하이오, 뉴저지, 멕시코, 중남미에 대한 탐사를 통해 선구적인 연구를 했다. 퍼트넘은 1887년 하버드대학교의 민족학 교수가 되었으며, 1891년에는 시카고 세계박람회의 인류학 분야의 준비를 담당했다. 이때의 수집품들은 유명한 필드 자연사박물관의 기반이 되었다.

1894년 그는 뉴욕 시 미국자연사박물관의 인류학 담당자가 되었으며, 동북아시아와 북아메리카 남서부에 대한 제섭(Jessup) 북태평양 탐험대의 파견에 영향을 끼쳤다. 1903년 퍼트넘은 버클리 캘리포니아대학교로 가서 인류학과와 인류학박물관을 신설했다. 그는 400편이 넘는 동물학·인류학 분야의 논문·보고서·기록을 남겼으며, 잡지 〈아메리칸 내추럴리스트 American Naturalist〉를 창간하고 편집자로 활동했다.