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유전 정보의 흐름을 억제하는 매커니즘을 발견한 공로로 2006년 노벨 생리학·의학상을 크레이그 멜로와 함께 공동 수상했다.

파이어는 1983년 메사추세츠 공과대학에서 생물학 박사학위를 받았다. 3년 후에 그는 메릴랜드 주 볼티모어에 있는 카네기 연구소에 연구원으로 들어갔다.

그곳에서 그는 자신에게 노벨상을 안겨 준 연구를 수행했다. 멜로와 함께 일하면서 파이어는 유전자가 두 가닥의 리보 핵산(RNA)에 의해서 억제 당한다는 매커니즘인 ‘RNA 간섭 현상’의 발견을 도왔다. 그것은 자연적으로 식물, 동물 그리고 인간에게 생성됨으로써 유전자 활동을 통제하고 바이러스 감염에 대한 방어를 돕는다. 두 사람은 1998년에 그들의 발견을 책으로 출판했다. RNA 간섭 현상의 가능한 적용 범위는 에이즈, 암, 그리고 간염과 같은 병들을 위한 발전적인 치료법을 포함하고 있다. 2003년에 파이어는 스탠퍼드 대학에 교수가 되었다.