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르네상스 시대에 근대 발생학의 기초를 확립하는 데 기여했다. 그는 생애의 대부분을 파도바대학교에서 보냈는데, 이곳에서 그는 저명한 해부학자 가브리엘 팔로피우스 밑에서 공부했다. 외과·해부학과의 과장직을 팔로피우스에게서 물려받은(1562~1613) 파브리키우스는 유럽 전역에서 학생들이 모여들 만큼 명성을 얻었다.

영국의 해부학자 윌리엄 하비는 그의 제자였다. 〈정맥의 판막에 관한 연구 De Venarum Ostiolis〉(1603)에서 파브리키우스는 정맥의 반달판에 대해 처음으로 분명한 묘사를 했는데, 이는 나중에 하비가 혈액순환에 관한 유명한 이론을 제시할 수 있었던 결정적인 계기가 되었다.

그의 〈태아 형성에 관한 연구 De Formato Foetu〉(1600)는 사람을 비롯한 많은 동물들의 태아의 발육에 대한 자신의 연구를 요약한 것으로 태반에 관해 최초로 자세하게 묘사했고, 비교발생학 분야를 개척한 저서이다. 그는 또한 발성기관으로서의 후두를 처음으로 설명했고 동공의 크기가 변한다는 것을 처음으로 보여주었다.