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투르키스탄의 역사는 BC 2세기초 훈족의 카슈가리아 정복과 함께 시작되었다. 훈 제국이 무너진 후 동투르키스탄은 중국에 합병되었으며, 서투르키스탄에는 400년경 에프탈족의 제국이 세워졌다. 6세기에 처음 나타난 터키인들은 아무다리야 강(고대명은 옥수스) 동쪽의 트란속사니아에 정착했다.

트란속사니아는 8세기에 아랍인들에게 정복되었으며 아랍인의 후예인 페르시아 사만 왕조 시대에 크게 번성했다. 같은 무렵, 몽골에서 온 위구르인들이 동투르키스탄을 점령해 지금까지 인구의 대다수를 이루고 있다. 투르키스탄 전역은 칭기즈 칸이 이끄는 몽골족이 나타날 때까지 여러 투르크 군주들의 지배를 받았다. 칭기즈 칸은 1218년에 카슈가르, 1220년에 트란속사니아를 점령하고 둘째 아들 차가타이에게 투르키스탄을 물려주었다. 그후 차가타이의 후손들은 트란속사니아와 동투르키스탄을 각각 나누어 통치했다. 1369년 티무르가 트란속사니아를 점령하고 사마르칸트를 제국의 수도로 삼았으나 티무르가 죽은 후 그의 제국에 대한 지배권을 놓고 다툼이 일어나 마침내 1500년 우즈베크족 우두머리 샤이바니 칸이 티무르 왕조를 무너뜨리고 트란속사니아에 자신의 왕조를 세웠다. 1세기 동안에 걸친 불안정한 지배 끝에 샤이바니 왕조가 무너지고 아슈타르하니(또는 아스트라한) 왕조가 대신 들어섰으며, 아슈타르하니 왕조는 다시 1740년 나디르 샤의 손에 무너졌다. 그후 서투르키스탄은 주로 적대적인 세 국가인 부하라·히바(호레즘)·코칸드 칸국의 지배를 받았다. 동투르키스탄에서는 차가타이 한국이 북동 지방을 서몽골족의 중가르 지파(칼미크족)에 넘겨주었으며, 남서쪽의 오아시스들은 호자스로 알려진 종교 귀족층이 지배했다. 1762년 동투르키스탄 전체가 청(淸)나라에 합병된 후 동투르키스탄의 역사는 서투르키스탄과 상관없이 독자적으로 발전했다.