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여성으로서는 유일하게 남부연합군의 장교가 되었다. 톰프킨스는 리치먼드에 있는 자기의 집을 병원으로 개조해 자비를 들여 설비를 갖추고 운영했다(1861~65). 제퍼슨 데이비스 대통령은 남부에 있는 모든 병원을 군사적 목적으로 사용하기 위해 정부통제 아래 둔 뒤 톰프킨스를 기병대위로 임명해(1861. 9. 9) 병원들을 관리하도록 했다. 그녀는 봉급도 받지 않은 채 이 일을 했고 '샐리 대위'로 이름을 날렸다. 죽을 때까지 계속 대위 직위를 가지고 있었으며 군인으로서의 예우를 갖추어 장례식이 치러졌다.