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조류(藻類)·세균·균류의 연구로 유명하고, 세균학의 창시자로 여겨진다.

그는 브레슬라우의 유대인 거주지역에서 유대인 상인의 세 아들 중 첫째로 태어났다. 그의 아버지는 조숙한 맏아들의 교육을 위해 아무런 노력도 기울이지 않아, 그는 어린시절의 과도한 학구열에 대한 우울한 기억을 지니고 있었다. 고등교육을 브레슬라우대학교에서 시작했는데 유대인이라는 이유로 박사학위 후보자로 인정받지 못해서 대신 좀더 자유로운 베를린대학교에서 19세의 젊은 나이에 박사학위를 받았다.

1850년에 브레슬라우대학교의 강사가 되었고, 1859년에는 그곳의 객원교수가 되었으며, 1871년에는 마침내 이 대학교에서 식물학 정교수가 되었다. 1866년에 브레슬라우대학교의 식물생리학회를 만들고, 1872년에는 회장이 되었는데 이것이 세계 최초의 식물생리학회였다.

그의 초기연구는 식물체의 가장 하등한 형태인 단세포 조류에 집중되었다.

참나무류나 양치류의 어린 개체와 성체의 겉 모양을 직접 관찰함으로써 그 차이를 알 수 있는 것처럼 크기가 아주 작은 식물의 생장단계는, 현미경하에서 모든 발달 단계를 관찰할 때만 알 수 있다는 원리를 강조했다. 수많은 조류의 생활사에 대한 그의 기술은 무한한 가치가 있으며, 1855년에는 특히 구슬줄말속(─屬 Sphaeroplea)의 성적(性的) 변화의 생활상을 증명했다.

또한 조류 분류에서 두드러진 개혁을 이루었다. 1868년경 콘은 세균 연구를 시작했다. 그는 세균 형태에 관한 정확한 연구를 바탕으로 체계적인 기초 위에 다양한 세균 변종들을 종(種)과 속으로 정리하려고 시도한 최초의 사람들 중 한 사람이었다. 그는 형태학만으로는 불충분하며 생화학적인 특징의 차이가 분류에 중요하다고 생각했지만, 형태학적 차이에 기초를 두면서 세균을 4군(群)과 6종으로 구분했다.

1870년에 〈식물학 기고문 Beiträge zur Biologie der Pflanzen〉이라는 제목의 새로운 잡지를 발간했는데, 이 잡지가 '콘의 기고문'이라고 알려질 정도로 많은 노력을 기울였으며, 세균학에 대한 많은 기초 논문을 이 잡지에 실었다. 콘의 가장 현저한 업적 중 하나는 고초균(枯草菌 Bacillus subtilis)을 포함한 몇 가지 세균의 내생포자의 형성과 발아의 발견이다.

또한 그는 내생포자의 고온에 대한 저항성을 기록한 최초의 사람으로서, 자연발생설을 지지하는 것처럼 보이던 당시의 실험들을 잘 관찰하여 반박할 수 있었다. 건초와 순무 치즈를 넣고 완전히 끓인 플라스크에서 세균의 내열성 포자가 끓인 후에도 죽지 않고 살아 남아 그후 그들이 정상적으로 증식한다는 것을 관찰함으로써, 끓인 후에도 세균이 빠르게 증식됨을 설명했다. 그리하여 세균이 열에 의해 모두 죽는다는 가정을 정정했고, 자연발생설만이 그에 대한 유일한 설명이라고 믿던 사람들의 오류를 고쳐주었다. 1876년 당시에는 잘 알려져 있지 않았으나 후에 의학적 세균학의 창시자가 된 로베르트 코흐가 소·양·인간에게서 발병하는 탄저병의 원인에 대한 자신의 연구를 출판에 앞서 평가받기 위해 콘을 찾아왔다(코흐). 콘은 무명의 시골의사를 만나는 데 동의했으며 그가 '과학탐구의 탁월한 대가'임을 바로 알아차렸다.

코흐는 탄저균이 탄저병의 원인이라는 논문을 콘의 격려에 따라 발표했고, 그가 베를린의 임피리얼 위생관으로 임명된 것도 콘의 지원 덕분이었는데, 그곳에서 그는 뛰어난 연구를 계속했다. 일생 동안 콘은 가장 탁월한 세균학자로 인식되었다. 그는 세균도 형태와 생리적 특성을 기초로 종으로 분류될 수 있다는 사실을 확립했고, 세균의 내생포자를 발견했다.

또한 살균기술의 발전에 중요한 역할을 했고, 자연발생설을 반박한 것으로 유명했다. 그러나 그의 가장 큰 업적은 아마도 세균, 조류, 다른 미생물들의 생활사에 대한 엄격하고 체계적인 관찰의 도입일 것이다.