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완두 실험에 관한 멘델의 고전적 논문을 발견한 사람들 가운데 한 사람이다. 그는 작센 프라이베르크 근처 로트포어베르크 농장에서 일하기 위해 빈에서의 학업을 중단했다.

1896년 할레대학교에서 박사학위를 받은 뒤 몇 군데의 품종개량소에서 일했고, 1901년 빈에 있는 농업 아카데미에서 일하게 되었는데 실질적으로 그곳에서 교수 생활의 대부분을 보냈다.

1898년 봄에 겐트 식물원에서 완두 품종개량 실험을 시작했다. 다음해 빈 근처 에슬링겐의 임피리얼재단(Imperial Family's Foundation)에 근무하면서, 자신의 정원에서 완두에 대한 실험을 계속했다. 그는 실험결과를 저술할 때 멘델의 작업을 참조했으며, 빈대학교 도서관에서 그에게 보낸 멘델의 논문들을 가지고 있었다. 그는 멘델의 완두 실험이 자신의 실험과 일치하며 어떤 면에서는 자신의 실험보다 잘 되었다는 것을 알았다. 같은 해인 1900년에 멘델의 발견을 발표했으며, H. 드 프리스와 C. E. 코렌스도 멘델의 논문을 발견하여 발표했다.

뛰어난 식물 유전학자인 체르마크는 멘델의 유전법칙을 한나카긴(Hanna-Kargyn)보리, 밀과 호밀의 잡종들, 속성재배할 수 있고 질병에 강한 귀리 잡종 같은 새로운 식물의 개발에 적용했다.