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1999년 6월 7일 북한은 자국의 꽃게잡이 어선 보호를 이유로 경비정 1척의 북방한계선(NLL) 침범을 자행하였다. 이어 8일까지 북한어선 15척은 NLL을 4~7㎞까지 침범하였고 북한 경비정은 계속해서 3~4회 침범과 철수를 반복하였다. 남한 해군은 국제법에 의거하여 고속정 2개 편대의 신호로 철수를 요구하다가 북한함정의 행위가 의도적이라고 판단하고 고속정들로 진입차단 기동작전을 펼쳤다.

9일부터 북한은 경비정을 10척으로 증강하였고 어뢰정을 추가하여 편대를 구성하면서 NLL을 7~13.7㎞까지 침범하였다. 이에 남한 해군은 초계함 2척, 고속정 5개 편대를 현장에 투입하였다. 6월 11일 북한 경비정 4척이 NLL을 13.9㎞ 침범하여 남한 고속정에 충돌을 시도하자, 남한 고속정은 이에 맞대응하여 선체를 충돌시키는 밀어내기식 공격을 하였다. 이 충돌로 북한은 중형 경비정 2척 대파, 2척이 손상의 피해를 입은 반면 남한 고속정 4척은 경미한 손상만을 입었다.

6월 15일 오전 8시 45분, 북한 경비정 4척이 다시 NLL을 침범하여 남한 고속정에 충돌을 시도하였고 오전 9시 4분에는 어뢰정 3척을 포함한 7척의 북한 함정이 남한 관할해역을 침범하였다. 남한 고속정 6척이 이에 맞대응하여 역충돌을 시도하자 북한함정에서는 수류탄 4~5발을 남한 함정에 던졌고 인근에 있던 북한의 경비정과 증원된 3척의 경비정까지 합세한 총 10척의 북한 함정이 소총 사격과 25㎜ 기관포 발사 등의 공격을 해왔다.

이에 남한 함정은 40㎜와 76㎜ 기관포로 응사하여 교전이 일어난 지 14분여 만에 북한 함정 중 어뢰정 1척을 침몰시키고 대형 경비정을 대파했으며 중형 경비정 2척 반파, 소형 경비정 2척 파손이라는 전과를 기록했다. 북한군의 인명피해는 정확히 확인되지는 않았으나 30여 명 이상이 사망했고 70여 명 이상이 부상당한 것으로 추정되고 있다. 남한 해군의 피해는 4척의 고속정과 1척의 초계함이 기관실 및 선체 일부에 경미한 파손을 입었고 군인 9명이 경상을 입었다.

이 사건은 북한이 NLL을 무시하고 12해리 영해를 주장함으로써 영해문제를 부각시키려는 의도를 드러낸 것으로 해석되기도 한다.