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잭슨은 1829년 하버드의과대학에서 의사자격을 획득하고, 파리대학교에서 의학 공부를 계속했으며 왕립광산학교에서 지질학 강의를 들었다. 1832년 보스턴에 돌아왔고 개인병원을 개업했다. 그러나 분석화학을 가르치기 위한 실험실을 설립하기 위해 의학을 포기했다. 그의 제자 중 한 사람인 젊은 치과의사 윌리엄 T. G. 모턴은 잭슨과 함께 치과에서 사용할 수 있는 마취의 화학적 방법에 대해 연구했다.

1845년 모턴은 호레이스 웰스로부터 에테르를 국부마취에 적용할 수 있다는 것을 배웠고, 에테르로 스스로 실험하기 시작했다. 1846년 9월 모턴은 잭슨의 충고를 받아들여 외과적 마취를 위한 에테르 흡입법에 대해 연구했다. 1846년 10월 16일 모턴은 매사추세츠 종합병원에서 에테르 마취에 대해 성공적으로 증명했다. 잭슨은 이것이 자신의 권리임을 주장했고 모턴을 비열한 사기꾼이라고 매도했다. 몇 년간의 논쟁 끝에 소송이 제기되었다.

잭슨의 논쟁을 좋아하는 성격은 다른 사건에도 나타난다. 1832년 새뮤얼 모스와 만난 잭슨은 모스에게 전신기에 대한 기본 원리를 말했다고 주장하면서 몇 년간의 소송을 시작했다. 나중에 그는 슈피리어 호(湖) 지역에 대한 보고서를 작성하기 위해 미국 지질조사국에서 임무를 맡아 일하다가 해고당했는데, 계획을 함께 한 동료의 보고에 의하면 잭슨은 자신의 결론을 뒷받침하여 개인적인 이득을 취하기 위해 데이터를 조작했다고 한다. 그럼에도 불구하고 그의 과학적 명성은 지질학자로서의 업적에 남아 있다. 1873년 잭슨은 정신병원에 위탁되어 나머지 생애를 그곳에서 보냈다.