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현재까지 MRI는 주로 신경계통(중추 신경계, 두경부, 척추와 척수 등)의 이상병변을 찾기 위해 사용되었으나, 실제로 사용범위는 비교적 넓다(→ 의학).

① 중추신경계에서 대뇌반구의 병변, 뇌혈관을 침범하는 질환, 뇌막염과 같은 염증성 질환, 뇌종양의 여부, 뇌출혈, 선천기형 등을 검사할 때,

② 두경부에서 비인후종양, 림프절의 검사, 혈관 침범 여부, 종괴의 정확한 위치와 그 내용물의 성질을 파악할 때,

③ 척추와 척수에서 추간판탈출증의 진단, 선천성 기형, 충격손상 후에 척수가 눌리는지 검사하려 할 경우,

④ 흉부와 심혈관부에서 폐암의 전이 여부, 흉골 종양의 침범 여부, 폐기관지나 혈관의 침범, 심방·심실의 검사,

⑤ 복부·골반부에서 간종괴의 성질, 신부전 및 신장이식 수술 후의 거부반응 여부의 평가, 골반 내의 혈관 림프절과 난소의 구분,

⑥ 근골격계에서 종양의 침범 정도, 대퇴골두의 무혈관성괴사 진단, 대수술 후 경과의 관찰 등이다.