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국철이라고도 한다. 일본 최초의 철도는 영국 기술자들에 의해 1872년 도쿄[東京]와 요코하마[橫浜] 사이에 부설되었다. 처음에 외국의 영향력에 대한 약간의 반발을 겪은 후 일본 기술자들이 빠른 속도로 철도를 부설하기 시작했으며, 철로 확장사업은 국가정책의 일환으로 발전해나갔다.

1907년 정부는 민영 철도를 사들이기 시작했으며 그결과 1949년 JNR가 출현해 일본 철도망의 근간을 이루었다. 1980년대 중반 총연장 2만 800㎞를 보유하면서 여객 및 화물 서비스에서 일본 전체 철도 운송량의 3/4 이상을 점유했으며 나머지 부분은 각 도시를 잇는 민영 철도회사가 차지했다.

1964년 고속 여객철도인 신칸센[新幹線]의 첫 노선이 도쿄와 오사카[大阪] 사이에 개통되었으며 이후 노선이 계속 확장되어 JNR의 기본 철도망 가운데 하나가 되었다. 한편 1964년 처음으로 경영 적자를 내기 시작해 이후 20년 남짓 적자가 누적되어 대규모의 장기채무를 지게 되었다. JNR의 정책결정과정에서 나타나는 관료주의적 성격은 특정지역에서 민영 철도회사와 경쟁하는 데 장애요인으로 작용했으며, 고임금과 불필요한 인력과다로 수익성이 떨어져 재정상태가 악화되었다.

1987년 JNR는 6개의 지역별 소규모 민영 철도회사, 1개의 전국 규모 화물 철도회사 및 다른 여러 회사로 분할됨으로써 각 회사들은 수익성을 올리게 되었다.