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이질은 원인에 따라 세균성이질과 아메바성이질 2가지가 있다. 세균성이질 또는 시겔라증은 시겔라속(─屬 shigella)에 포함되는 간균이 일으키는데, 증상은 가볍게 끝나는 경우부터 갑자기 진전되어 탈수와 세균독소에 의한 중독으로 죽음에 이르는 심한 경우까지 있다. 1~6일의 잠복기 후에 갑자기 열이 나고 피가 섞인 묽은 변을 자주 배설한다.

긴장과 구토가 나타나고, 곧 다량의 체액 손실로 탈수 증상이 두드러진다. 이질 말기에는 대장에 생긴 만성궤양 때문에 혈변을 보게 된다. 가장 심한 세균감염을 일으키는 것은 열대·아열대 지방에서 주로 발견되는 시겔라 시가이(Shigella shigae：시겔라 디센테리에 1형[S. dysenteriae type 1]이라고도 함)이다.

플렉스네리이질균(S. flexneri), 손네이질균[S. sonnei), 보이드이질균(S. boydii) 등의 다른 시겔라속의 간균도 이질을 일으킨다. 세균성이질은 테트라사이클린·옥시테트라사이클린·클로르테트라사이클린과 같은 항생제로 치료한다. 심한 탈수 증상을 보이는 환자에게는 체액을 다량으로 투여하며, 일부 경우에는 수혈이 필요할 수 있다.

아메바성이질은 장(腸)아메바증이라고도 하며 원생동물인 이질아메바(Entamoeba histolytica)가 일으킨다.

아메바성이질은 세균성이질보다 훨씬 만성이고 서서히 나타나며, 활동형과 포낭형(胞囊型)의 2가지 형태로 나타나는 원인균이 각각 다른 경로로 질병을 일으키기 때문에 치료하기도 어렵다. 활동형은 급성이질을 일으키며 그 증상은 세균성이질과 비슷하다. 포낭형은 간헐적으로 설사를 하고 위경련이나 다른 종류의 복통을 나타내는 만성이질을 일으키는데, 혈변을 보는 환자도 있다. 만성형이 급성형보다 흔하고, 증상의 호전·악화가 자주 반복되는 특징이 있으며 대장에 궤양이 생길 수도 있다. 아메바성이질은 어느 형이든 에메틴과 다이오도퀸과 장 안에 있는 아메바 기생충만을 죽이는 약물로 치료한다.

세균성이질과 아메바성이질은 보균자의 변에 오염된 물이나 음식물을 먹어서 전염되는데, 흔히 감염된 사람이 손을 씻지 않고 음식을 다루는 경우에 전염된다. 아메바성이질은 병에 걸렸지만 증상이 나타나지 않는 사람에 의해 전염되는 경우가 많다. 이질은 사람들이 밀집해 사는 곳에서 위생적인 생활을 하지 않을 때 흔히 나타난다.

전쟁 포로수용소, 특히 열대지방에 있는 수용소에서 생기는 전형적인 질병이다.