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이종욱은 1945년 서울에서 태어났다. 경복고등학교와 서울대학교 의과대학을 졸업(1976)했고, 하와이대학교 대학원에서 전염병학 석사학위를 취득(1981)했다. 이후 강원도립병원, 미국령 사모아 열대의료센터를 거쳐 1983년 세계보건기구(WHO) 남태평양 나병퇴치팀장으로 WHO와 인연을 맺었다.

이종욱은 WHO 서태평양지역 사무처 질병관리국장을 역임했고, 1994년에는 WHO 본부 예방백신사업국장과 세계아동백신운동 사무국장을 지내면서 전 세계 소아마비 퇴치에 지대한 공헌을 하였다. 이 시기에 소아마비에 걸릴 확률을 세계인구 1만 명당 1명으로 크게 낮춰 미국 잡지 〈Scientific American〉로부터 '백신의 황제'라는 별호를 얻기도 했다. 이종욱은 1998년 할렘 브룬트란트 사무총장의 취임 이후 총장 특별대표직을 맡기 시작하면서 WHO 의 정책부서를 두루 거쳤다. 2000년에는 WHO 결행국장을 지내면서 북한에 6만 명분의 결핵약을 공급하는 등 19개 저개발국의 결핵퇴치사업에도 힘을 쏟았다. 이종욱은 2003년 5월 5일 한국인으로는 처음으로 유엔 산하기구인 WHO의 사무총장에 선출되었다. 그는 WHO 사무총장으로 일하면서 전 세계 위생 및 보건대책, 구호사업 등 의료분야에 크게 공헌했을 뿐 아니라 WHO의 조직 개혁에도 이바지했다.

2005년 5월 뇌경색으로 사망하여 대전 국립묘지에 안장되었다. 2006년 파라다이스상 특별공로부문에 수상되었다.