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유인석은 척사론을 기본으로 하여 서양사상에 철저히 반대하면서 유교적인 이념으로써 통치되는 독립된 나라를 구상했으며, 국제질서도 중국 중심으로 다시 개편할 것을 주장했다(→ 위정척사론). 특히 서양사상의 주체가 되는 평등 자유론, 공화제 또는 입헌군주제의 민주주의 체제, 그 첨병으로서의 기독교·신학문이 구래 유교질서를 파괴하는 것으로 보았다.

그리고 사농공상병의 오민으로 체계화된 귀천존비의 사회질서가 있어야 된다고 하면서, 향약을 실시함으로써 농민반란을 방지하고 제국주의 침략에 무력으로 항쟁할 수 있다고 생각했다. 그의 독립운동방략은 의병전쟁의 지도이념으로 기능했고 비록 유교사회를 재건한다는 복고적인 것이었으나, 그의 영향하에 있었던 제자들이 비타협적 민족주의로 이어져 독립운동전선을 향해 나아가는 기틀을 마련했다.