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1938년 아프리카 최초의 인류학 연구기관인 북로디지아(지금의 잠비아) 로즈 리빙스턴 연구소 초대 소장으로 임명되었다. 아내와 함께 영국 식민지인 탕가니카·말라위·북로디지아의 경제·정치·문화 변동을 연구했다. 저서 〈사회변동 분석 The Analysis of Social Change〉(1945, 아내 모니카와 공저)은 그때 겪은 체험에 바탕을 둔 것이다.

런던정치경제대학에서 브로니수아프 말리노프스키의 지도 아래 인류학을 공부했으며, 국제 아프리카 연구소의 초기 특별연구원들 가운데 한 사람이었다. 로즈 리빙스턴 연구소 소장을 지낸 후 1942년 남아프리카 의료봉사단에 참여했다. 윌슨의 연구는 당시 사회이론의 발달단계를 좀 더 끌어올려야 한다는 강한 신념과 사회적 과정으로서의 문화변동, 특히 원시종족에 미치는 산업화의 영향에 대한 관심이 바탕이 되어 이루어졌다.