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주로 위궤양 치료에 시술하는데 위 내막에 있는, 위산을 분비하는 벽세포를 제거하고 위산분비를 촉진하는 호르몬인 가스트린의 생산을 중지시켜서 궤양의 원인을 제거한다.

위절제술은 한때 위궤양 환자들에게 흔히 시술하던 치료법이었으나, 현재는 적합한 약이 없거나 위궤양으로 위벽이 뚫렸거나 출혈이 일어나는 경우에만 시술하는 마지막 방법이다.

가장 흔한 시술법은 위전정부절제술로, 가스트린이 분비되는 주요지점인 위의 하부 절반(유문동)을 제거하고 나머지 위는 소장의 첫부분인 십이지장에 다시 연결시킨다.

보다 광범위한 절제법은 아전위절제술로 유문동을 비롯하여 위의 3/4 정도를 제거하고 나머지 위는 궤양이 흔히 나타나지 않는 십이지장이나 공장에 바로 연결한다. 유문동이 완전히 제거되었을 경우에는 위절제술 후 궤양이 재발될 확률이 매우 낮다(약 2％). 위절제술 이후에 가장 큰 문제점은 식욕감퇴와 위의 소화능력 감소에서 오는 전반적인 영양실조이다.