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서늘하고 건조한 산간분지를 흐르는 우아야가 강 기슭에 자리잡고 있다.

1539년 스페인 출신의 고메스 알바라도가 옛날 잉카 제국의 도시가 있던 자리에 레온데로스카바예로스데우아누코('우아누코 신사들의 사자')라는 마을을 세웠다. 현재 우아누코비에호(옛 우아누코)라고 불리는 이 마을이 그후 적대적인 원주민을 피해 80㎞ 떨어진 곳으로 옮겨지면서 지금의 우아누코가 건설되었다.

식민지시대에 선교활동의 중심지로 유명해졌고 시민들은 일찍부터 스페인의 지배에서 벗어나기 위한 독립운동에 참여했다.

현재 주변 농업지역에서 생산되는 사탕수수·목화·커피·카카오·과일 등을 거래하는 교역 중심지이며, 가까이에 조면공장과 제당공장이 있다. 쾌적한 날씨와 식민지시대의 교회(산크리스토발·산프란시스코 교회), 가까운 코토시에 있는 아메리카 대륙 발견 이전 시대의 유적지 덕분에 우아누코는 인기 있는 관광휴양지가 되었다.

1964년에 설립된 에르밀리오발디산국립대학교가 있으며, 항공로와 간선도로를 통해 리마 및 동부지역 도시들과 이어져 있다. 아마존 횡단고속도로의 우아누코-아과이티아 간이 1970년대말에 개통되었다.