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할아버지인 요한네스 5세 팔라이올로구스로부터 콘스탄티노플의 통치권을 빼앗아 1390년 몇 개월 동안 황제 자리에 앉았다. 1399~1402년 그는 요한네스 5세를 계승한 마누엘 2세가 투르크의 공격에 맞서기 위해 지원을 요청하러 서방으로 떠나 있는 동안 콘스탄티노플에서 마누엘의 섭정으로 행세했다.

마누엘이 자리를 비운 동안 그는 오스만 투르크와 조약을 맺고 그들에게 재정적·종교적 특권을 부여했다. 콘스탄티노플로 돌아온 마누엘은 그 조약을 파기하고 요한네스를 테살로니카(지금의 그리스 테살로니키)의 총독으로 파견했다.