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바이마르 동쪽에 있으며, 잘레 강을 끼고 있다. 9세기에 야니라는 이름으로 처음 기록되었던 이곳은 1230년 자치시로 인가를 받았고, 14세기 중엽부터는 마이센 후작들의 소유가 되었다. 후작 영지를 소유했고, 1423년 이후 작센의 선거후였던 베틴가(家)가 1485년 분열됨에 따라, 예나는 에르네슈티네 지파 공작들의 소유가 되었다. 1672~90년에 작센예나 공국의 중심지였으며, 1918년까지 공작들의 거주지였다. 1806년 나폴레옹이 예나의 북쪽 고원에서 프로이센을 누르고 빛나는 승리를 거두었다.

1548년 이 시의 프리드리히실러대학교는 선거후인 대공 요한 프리드리히에 의해 학술원으로 건립되었다가, 1577년 대학교의 지위로 격상되었다. 이 대학교의 전성기는 요한 볼프강 폰 괴테의 후원자였던 카를 아우구스트 공작의 통치 때인 1787~1806년으로 당시 요한 피히테, 게오르크 헤겔, 프리드리히 폰 셸링 같은 철학자들과, 아우구스트 폰 슐레겔, 프리드리히 실러 같은 작가들이 이 대학에서 가르쳤다. 이 대학교는 오래 전부터 새로운 사상을 자유로이 수용하는 독일 대학교들의 선두에 있었다. 진화론자인 에른스트 헤켈은 19세기 중엽에 이곳에서 유명해졌으며, 1841년 카를 마르크스가 이 대학교에서 박사학위를 받았다.

이 도시는 제2차 세계대전 때 심한 피해를 입었으나 복구되었다. 주목할 만한 건물들로는 옛 대학교 건물들, 14세기 때의 시청, 장크트미하엘 교회(1438~1528) 등이 있으며, 중세시대 요새들 가운데 많은 탑들이 남아 있다. 대학교 건물들(1906~08)은 괴테가 소설 〈헤르만과 도로테아 Hermann und Dorothea〉를 썼던 공작의 옛 궁전이 있던 곳에 있다.

그외 여러 고등교육기관들, 식물원, 시립 및 대학 박물관들, 광학학교, 기상연구소, 관측소, 중요한 지진탐사연구소, 플라네타리움 천문관 등이 있다. 철도 교차점이며, 오래되고 정평 있는 차이스광학정밀기기회사와 쇼트 유리공장의 본고장이다. 이곳에는 중요한 제약공장이 있다.