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고려의 제도를 그대로 계승하여 조선 초기부터 있었다. 1392년(태조 1)에 판관 2명을 두어 사무를 맡아보게 했다가 태종 때에는 판관제도를 폐지하고 사(使)·승(丞)·녹사를 각각 1명씩 두어 관리하도록 했다.

1465년(세조 11) 폐지되어 풍저창에 속했다가 1470년(성종 1)에 분풍저창(分豊儲倉)으로 개칭되었다. 1483년(성종 14)에 유생들의 상소로 다시 양현고라고 개칭했다. 초기에는 성균관 소유의 2,000여 결의 섬학전(贍學田)을 관리하면서 그 수입으로 유생들의 식량을 공급했으나, 조선 후기 영조 때 편찬된 〈속대전 續大典〉에 의하면 학전 400여 결로 식량을 공급했다고 한다. 그러나 실제 운영면에 있어서는 학생들의 식량을 제대로 공급하지 못해 학생들이 많을 때에는 스스로 식량을 가지고 와서 공부를 했다고도 한다.

토지 이외의 재산인 노비는 약 400명에 달해 일부 노비는 양현고 안에서 유생들의 식사와 잡역을 담당하고 일부 노비는 외거노비로 신공을 바쳐 그것으로 필요한 물건을 구입했다. 관원은 종6품의 주부(主簿) 1명, 종7품의 직장 1명, 종8품의 봉사 1명으로 성균관의 전적(典籍)·박사·학정(學正)이 각각 겸임했다. 아전으로는 초기에는 서리 5명을 두었는데 중기에는 성균관의 서리가 겸임했으며 말기에는 정원을 4명으로 줄였다.