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1945년 9월 15일 GHQ는 본부를 도쿄[東京] 히비야[日比谷]로 옮겼다.

조직은 인사·정보·작전·후방 4개부로 이루어진 참모부(소위 G 1·2·3·4 각부)와 민정국·천연자원국·경제과학국·민간정보국 등으로 이루어진 특별부문을 근간으로 하며 극동국제군사재판소도 그 관할하에 있었다.

연합국의 대일정책결정기관으로서 워싱턴에 극동위원회, 도쿄에 GHQ 자문기관으로서 대일이사회가 설치되어 있었지만, 연합군 선발 부대가 아쓰기[厚木] 공항에 도착하기에 앞서서 H. 트루먼 미국 대통령이 대일단독통치를 언명한 것에서 알 수 있듯이 실질적으로 GHQ는 미국의 기관이며 미국이 최고 권력을 장악하고 있었다.

연합국인 미국이 GHQ 지령을 일본정부에 하달하고 일본정부가 이를 실천에 옮기는 간접통치방식이 채택되었다. 이 기관은 1952년 4월 28일 대일강화조약의 발효와 함께 폐지되었다.