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인간의 성행위를 연구했다(→ 성적 행동). 선장의 아들로 태어나 런던 남부에 있는 사립학교에서 교육을 받았다.

오스트레일리아에서 4년 동안 교사생활을 하다가 1879년 영국으로 돌아온 뒤 1881년 런던에 있는 세인트토머스 병원에서 의학공부를 시작했다.

'새생활 동호인 모임'에서 조지 버나드 쇼와 아서 시먼스를 만났고, 1887년 〈머메이드판 옛 극작가 전집 Mermaid Series of Old Dramatists〉의 편집자가 되었다. 이 시리즈는 17세기 희곡을 더 많은 독자들에게 알리기 위한 기획물이었다. 엘리스는 그의 첫 작품 〈범인 The Criminal〉(1890) 등을 실은 〈현대 과학 전집 Contemporary Science Series〉을 기획·편집했다.

〈남자와 여자 Man and Woman〉(1894)를 쓰기 위해 시작한 연구 끝에 대표작 〈성 심리학 연구 Studies in the Psychology of Sex〉(7권, 1897~1928)를 내놓았는데, 제1권이 출판되자 소송을 당했다. 판사는 이 책의 엄밀한 가치는 '음란서적을 팔아먹기 위한 구실'에 불과하다고 판결했다. 이때문에 나머지 6권은 미국에서 출판되었으며, 1935년까지 의료인들만이 이 책을 합법적으로 구할 수 있었다.

그의 저서는 성 문제의 공개적 논의를 촉진시켰으며, 그는 여권 변호자, 성교육 옹호자로 알려지게 되었다. 문학과 예술에 관해 쓴 후기 수필들은 〈견해와 논평 Views and Reviews〉(1932)에 다시 실렸다.