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엔테로박터는 통성 혐기성(嫌氣性) 균으로 분류되는 그람 음성균이다.

혐기성은 호기성과 무산소성 환경 모두에서 잘 자랄 수 있다는 것을 의미한다. 많은 종들이 편모를 가지고 있으므로 운동성이 있다. 특정한 생화학적 성질뿐만 아니라 자동력을 지닌 특성은 오르니틴 데카르복실라아제(ornithine decarboxylase)라는 효소를 합성하는 능력이 있으며 매우 유사하고 밀접한 관련이 있는 클레브시엘라(Klebsiella) 균에서 엔테로박터를 구분해 낸다. 엔테로박터는 동물의 창자(그리스어 'enteron'은 '창자'라는 뜻)라는 의미로 생물의 우세한 자연 서식지를 따서 명칭을 부여한다.

엔테로박터는 자연계 어디에서나 흔히 볼 수 있다.

동물의 장관(腸管)에 존재하기 때문에 토양과 물, 오물에 널리 분포하고 식물에서도 발견된다. 사람에게는 다양한 엔테로박터종이 질병을 일으키는 미생물인 기회감염성 병원균으로 활동하는 것으로 알려져 있다. 기회감염성 병원균으로는 E. 배설강균(E. cloacae)을 비롯하여 E. 양기성균(E. aerogenes), E. 사카자키균(E. sakazakii), E. 게르고비아에(E. gergoviae), E. 아글로메란균(E. agglomeran)이 있다. 병원성 엔테로박터는 눈을 비롯하여 피부 감염, 수막염, 균혈증(세균 혈액 감염), 폐렴, 요로 감염과 같이 다양한 질환을 야기할 수 있다.

E. 배설강이나 E. 양기성균 때문에 야기된 질병의 많은 경우가 병원과 요양소 같은 병원 환경에 있는 미생물에 노출되었을 때 걸리게 된다.

약물 저항성을 보이는 엔테로박터 미생물의 출현은 특히 병원 환경 내에서 식이요법 치료를 복잡하게 만들었으며 그런 종류의 미생물은 점점 더 흔해졌다. 엔테로박터 감염을 치료하기 위한 전통적인 방법은 일반적으로 아미노글리코시드(aminoglycoside)나 플루오린퀴놀론(fluoroquinolone), 세팔로스포린(cephalosporin), 이미페넴(imipenem)으로 단일제 향균성 치료를 하는 것이다.

그러나 어떤 경우 엔테로박터 특정 생물형군은 베타락타마제(beta-lactamases)로 알려진 효소를 생산할 수 있다. 베타락타마제는 이미페넴과 세팔로스포린이 포함되어 있는 군으로 베타락탐계 항생물질(beta-lactam antibiotics)의 활동과 관련 있는 고리 모양 구조의 중앙 부분을 둘로 쪼갠다. 이러한 약물에 계속해서 노출되면 베타락타마제 합성 엔테로박터가 선택됨으로써 약물 저항성을 증가시킨다.

엔테로박터 감염에 대한 새로운 치료 방법은 베타락탐제와 결합한 아미노글리코시드나 플루오린퀴놀론 같이 다른 핵심 구조를 지닌 다양한 항생물질을 이용하여 식이요법과 결합하는 것이었다. 그러나 더 다양한 방법의 전략 가능성에도 불구하고 엔테로박터는 다중 약물 저항성 미생물의 선별과 연관성이 있다.

시프로플록사신(ciprofloxacin) 같은 플루오린퀴놀론을 비롯한 비(非)베타락탐계 항생물질에 대한 엔테로박터의 저항성은 뚜렷이 구별되는 세포 및 유전적 구조와 관련이 있다.

그런 구조를 이용하는 세균의 예로는 시프로플록사신 내성 E. 양기성균과 다중약물 내성 E. 양기성균이 있다. 다중약물 내성 E. 양기성균은 많은 경우 시프로플록사신과 이미페넴에 대한 저항성이 있다. 아미노글리코시드에 대해 저항성 있는 엔테로박터 구조를 보면 저항성은 인테그론(integron)으로 알려진 세균성 유전적 요소와 관련이 있었다.

인테그론은 항생물질에 대한 저항능력을 부여하는 유전자를 가지고 있으며 유전자 재조합을 통해 세균성 게놈으로 통합한다. 인테그론은 효율적으로 교환이 되고 병원 환경에서 발생하는 세균과 마찬가지로 세균 개체수 사이를 순환하며 퍼지게 된다. 아미노글리코시드 겐타마이신(gentamicin)에 대해 저항성이 있는 E. 배설강균에서 인테그론은 미생물의 게놈에 존재하는 것으로 보여진다.

독립생활을 하는 엔테로박터는 질소 고정 능력이 있다.

배설강균 같은 어떤 종류의 세균은 식물에서 공생질소 고정을 하고 밀과 수수 같은 특정한 작물의 근류(根瘤)와 벼의 근권(根圈)으로부터 떨어져 나온다.