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로마 가톨릭의 랭스 - 두에 성서 번역작업을 감독했고, 여왕 엘리자베스 1세의 프로테스탄트 체제를 막으려는 음모에 가담했다. 옥스퍼드대학교에서 공부한 뒤 1556년 그 대학교 세인트 메리 홀의 학장이 되었다.

엘리자베스가 여왕으로 즉위한 뒤 여왕을 국교회의 수장으로 인정하지 않으려 한다는 의심을 받았으며, 계속되는 정부의 압력에 못이겨 1565년 잉글랜드를 떠나 스페인령 네덜란드에 있는 메헬렌으로 가서 사제가 되었다. 1568년 두에(당시에는 스페인령 네덜란드에 속했고, 지금은 프랑스에 속함)에 잉글랜드인들을 선교사 사제로 훈련하는 신학교를 세웠다. 1578년 신학교와 함께 랭스로 옮겨가 1585년까지 이 신학교의 교장이자 강사로 일했다.

그레구아르 마르탱이 앨런의 감독 아래 번역한 '랭스 - 두에'라는 영향력있는 성서 역본의 제목은 이 학교의 이름에서 따온 것이다. 앨런은 또한 1576년 로마에 잉글랜드인 대학을 설립하는 일을 도왔다. 1580년 잉글랜드에 보낼 최초의 예수회 선교사단을 조직했으나(당시 잉글랜드는 가톨릭 예배를 금지했음), 몇 년이 지나자 평화로운 방법으로 조국에 가톨릭 신앙을 되살리는 일을 포기했다. 그는 스페인 왕 펠리페 2세에게 잉글랜드를 정복하여 잉글랜드 왕권을 차지하라고 요청했고, 그결과 1587년 펠리페의 요청으로 추기경에 임명되었다.

그러나 1588년 영국이 스페인의 무적함대를 물리침으로써 앨런의 정치적 음모도 끝났다. 1584년 벌리 경 윌리엄 세실이 영국 가톨릭교도들을 내란죄로 고소한 데 대해 그들을 변호하는 소논문을 썼다. 1585년부터 추기경으로 로마에서 불가타로 알려진 라틴어 성서의 가톨릭 역본 개정작업을 도왔다.