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황제 이사키오스 2세의 아들이다. 제4차 십자군의 도움으로 비잔티움 제국의 제위를 되찾았으나 곧 전국적인 반란으로 폐위되었다.

1195년 알렉시오스 3세에 의해 장님이 되어 있던 아버지와 함께 수감되었으나 1201년 탈출해 누이와 그녀의 남편인 슈바벤의 필리프가 있는 독일로 갔다. 이집트 정복에 필요한 자금·물자·병력 및 500명의 서유럽 기사들의 성지 체재비를 대고 비잔티움 교회를 로마에 복속시키겠다고 슈바벤의 필리프와 십자군 지도자인 몬페라토의 보니파체 및 그들의 베네치아 동맹군을 설득해 자신과 아버지를 공동황제로 복위시키기 위해 제4차 십자군 원정로를 콘스탄티노플로 전환하도록 했다. 이 계획은 1203년에 실현되었다.

그러나 공동황제가 된 그들은 서유럽에 약속한 빚을 갚을 능력도 없었으며 동방정교회와 로마 가톨릭 교회를 일치시킬 수도 없었다. 콘스탄티노플 주재 십자군 원정대의 방자한 행동과 과중한 세금 징수 때문에 알렉시오스 3세의 사위인 알렉시오스 두카스 무르추플로스는 전국적인 반란을 일으켰다. 1204년 1월 알렉시오스 5세로서 황제임을 선언한 알렉시오스 두카스는 알렉시오스 4세를 목졸라 죽였고 이사키오스는 며칠 후 감옥에서 죽었다.