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1964년 가을 한국이 제창한 동남아시아 외무장관회의의 구상에서 발단이 되어 1965년 3월 11일 타이 외무장관 주관하에 방콕 외무무장관 회의실에서 한국·타이·타이완·필리핀·일본·말레이시아·오스트레일리아·뉴질랜드 등 8개국 대표들이 참석한 가운데 제1차 예비회담이 개최되었다.

1966년 4월 18일 방콕에서 다시 제2차 예비회담이 개최되었고, 그때 새로 라오스가 옵서버로 참석했다. 1966년 6월 14~16일 3일 동안 서울에서 제1차 회의가 개최되었고 그후 매년 1번씩 개최되어왔다. 그러나 아시아 태평양 각료이사회가 중국을 의식한 냉전시대의 산물로 발족했으므로 중국의 국제연합(UN) 가입이라는 세계 조류의 변화를 맞이해 1973년 개최예정이었던 제8회 회의가 무기연기되면서 사실상 해체 상황에 놓였다.

이 기구의 조직은 회원국 외무장관간의 연례회의인 각료회의(Council of Ministers), 차기 각료회의 개최국 외무장관과 개최국 주재 회원국 대사들로 구성되는 상임위원회(Standing Committee) 및 차기 각료회의 개최국의 외무부에 설치되는 사무국과 사회문화 센터, 과학기술 서비스 등록처, 식량비료기술 센터, 경제협력 센터, 해양협력 계획 등과 같은 등 5개 사업기관으로 구성되어 있다.