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마투그로수 주 알토아라과이아 시 근처의 브라질 고원에서 발원하여 북북동쪽으로 2,627㎞를 흐른 뒤 상주앙두아라과이아에서 토칸틴스 강과 합류한다. 상류는 마투그로수 주와 고이아스 주 사이의 경계 일부를 이룬다. 중류에서 아라과이아 국립공원이 있는 길이 약 320㎞의 바나날 섬을 사이에 두고 2개의 수로로 나누어진다.

주요지류인 서쪽 줄기에는 군데군데 폭포와 급류가 많이 있고, 동쪽의 작은 수로는 작은 배로 항행할 수 있다. 아라과이아 강은 브라질 내륙의 광대한 지역을 흐르지만 곳곳에 폭포가 있어서 수송로로는 부적합하다. 20세기말 동력을 공급하기 위한 수력발전소가 건설되었다. 강 상류 주변지역에는 우라늄·구리·코발트·아연·다이아몬드를 포함해서 광물들이 개발되지 않은 채 매장되어 있다.